在《最终幻想7》的故事发生的七年之前。“神罗公司”在魔晄都市“米德加”具有强大的军力和影响力。而在神罗，有个战斗能力卓越的士兵组织“神罗战士”，2nd神罗战士扎克斯便隶属于该组织。扎克斯的任务是与自己的前辈——1st神罗战士安吉尔和作为英雄闻名于世的萨菲罗斯一起调查“神罗战士大量失踪事件”。