《半条命2：第二章》是在前三部曲的基础上延伸的剧情，你将继续惊险刺激的探险。本次游戏的主角仍是博士戈登弗里曼，继续延续上次与爱丽克斯逃离17城市的情节，把从暗能城堡盗来的资料代码交给白森林反抗军火箭发射基地，毁掉联合军传送门。在通往白森林的道路，危险重重，新的怪物陆续登场：险些杀死爱丽克斯的蓝色狩猎者、吐硫酸的蚁狮工兵、差点杀死戈登和爱丽克斯并杀死伊莱的联合军探员，还有发明三脚机甲克星的高傲的黑山基地火箭科学家马鲁格森，他的发明决定了游戏结尾的剧情。