游戏背景设于未来世界，2277年的美国，主角原本与父亲生活在101号避难所中，但某天父亲突然不辞而别，违反了避难所“生在101，死也要在101”的规定。因此，主角被101号避难所的主管追捕，幸好获101号避难所监督的女儿的帮助，成功逃出了101号避难所。主角踏上寻找自己的父亲的旅途，在核战后的废土上求生存，并继承父亲遗志，完成了“净水工程”的伟大壮举。