《监狱建筑师》最大的特点可能是系统的完整度以及整体游戏的可探索型:除了提到的重视“需求”以及资源以外，《监狱建筑师》在系统上颇下了一些功夫。玩家可以设定保安人员的巡逻路线，将犯人分配到合适的工作岗位上，利用心理医生得知犯人的需求并且对症下药，甚至可以在犯人中间发展内线或者监听犯人们对外的联络电话以获得第一手信息。这些细节玩家可能未必会注意，但一旦用得着的时候，自然便会感受到制作方的匠心独具。